2004-2024
Bp Jan Tyrawa
2004 - 2021
Bp Krzysztof Włodarczyk
2021 - nadal
Ojciec Święty Jan Paweł II, 24 lutego 2004 roku ogłosił bullę ustanawiającą metropolię łódzką, diecezje świdnicką i bydgoską. Dekret zawierający szczegółowe normy wykonawcze powyższych decyzji wszedł w życie 25 marca 2004 roku w uroczystość Zwiastowania Pańskiego. Decyzja ta była dopełnieniem reformy administracyjnej Kościoła w Polsce z 25 marca 1992 roku, zawartej w bulli Totus Tuus Poloniae populus.
Diecezja bydgoska została utworzona z 12 dekanatów archidiecezji gnieźnieńskiej: Bydgoszcz I-V, Mrocza, Nakło, Szubin, Kcynia, Wyrzysk, Łobżenica, Wysoka; fragmentów 3 dekanatów diecezji pelplińskiej: koronowski, wierzchuciniecki, sępoleński oraz 1 dekanatu diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej: złotowski i została włączona do metropolii gnieźnieńskiej.
Papież zdecydował, że stolicą nowo powstałej diecezji jest miasto Bydgoszcz, a jej patronami ustanowił Matkę Bożą Pięknej Miłości i bł. biskupa Michała Kozala, zaś dotychczasowy kościół farny z XV wieku pw. św. Marcina i św. Mikołaja w Bydgoszczy został wyniesiony do godności katedry. Ordynariuszem diecezji bydgoskiej mianowany został biskup Jan Tyrawa, dotychczasowego biskup pomocniczy archidiecezji wrocławskiej. Jego uroczysty ingres do katedry bydgoskiej odbył się 28 marca 2004 roku.
Diecezja bydgoska zajmuje 5200 km2 powierzchni i jest położona na terenie dwóch województw: kujawsko-pomorskiego oraz wielkopolskiego. W momencie postania podzielona była na 16 dekanatów, w skład których wchodziło 145 parafii. W latach 2006 i 2008 utworzono nowe dekanaty: Bydgoszcz VI, Białe Błota, Labiszyn, a dekanat Złotów podzielono na: Złotów I i Złotów II. Od momentu powstania diecezji erygowanych zostało 6 nowych parafii: Najświętszej Maryi Panny Wspomożycielki Wiernych w Niemczu (2004), bł. Rafała Kalinowskiego w Murowańcu (2007), Nawrócenia św. Pawła w Solcu Kujawskim (2008), Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Przyłękach (2009), św. Jana Pawła II w Bydgoszczy-Fordonie (2011) oraz św. Faustyny Kowalskiej w Bydgoszczy-Fordonie (2017).
Powstanie naszej diecezji wiązało się z potrzebą organizacji podstawowych struktur Bydgoskiego Kościoła. 24 marca 2004 roku biskup Jan Tyrawa powołał Kurię Diecezjalną, mianując jej kanclerzem ks. dra Lecha Bilickiego. Po jego śmierci, w 2015 roku nowym kanclerzem został ks. prałat Grzegorz Nowak. 24 marca 2004 roku powołana została również Caritas Diecezji Bydgoskiej, której dyrektorem został ks. prałat Wojciech Przybyła. 1 sierpnia tego roku erygowane zostało Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Bydgoskiej im. bł. bpa Michała Kazała, którego rektorem został ks. dr hab. Wojciech Szukalski. W latach 2014-2022 funkcję tę pełnił ks. dr Marcin Puziak, dotychczasowy ojciec duchowny seminarium. Na terenie nowo powstałej diecezji, od 1982 roku funkcjonował Prymasowski Instytut Kultury Chrześcijańskiej im. Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Jego dyrektorem, od 1 sierpnia 2004 roku do 2010 roku był ks. dr Rafał Grabowski. Obecnie funkcję tę pełni ks. dr hab. Mirosław Gogolik. Kolejną instytucją powołaną do istnienia był Sąd Biskupi Diecezji Bydgoskiej I Instancji, erygowany w uroczystość Zwiastowania Pańskiego, 25 marca 2011 roku. Oficjalną swoją działalność rozpoczął on 14 czerwca 2011 roku. Pierwszym Wikariuszem Sądowym - Oficjałem został ks. dr Zenon Niemczyk. Obecnie jest nim ks. dr Mateusz Nowak.
Obecność Kościoła w szkolnictwie zaznacza się szczególnie poprzez szkołę katolicką. Ona to właśnie, nie mniej niż inne szkoły, dąży do celów duchowych i do prawdziwie humanistycznej formacji młodzieży (DWCH 8). Na terenie naszej diecezji działa kilka placówek szkolno-wychowawczych: Collegium Catholicum Bydgostiense Zespół Szkół Katolickich Pomnik Jana Pawła II w Bydgoszczy; Zespół Szkół Towarzystwa Salezjańskiego Collegium Salesianum w Bydgoszczy, Zespół Szkół Katolickich im. św. Wojciecha w Złotowie, Katolickie Niepubliczne Przedszkole św. Jadwigi Królowej, Publiczne Przedszkole Dzieciątka Jezus przy parafii pw. św. Urszuli Lecióchowsklej, Przedszkole Sióstr Elżbietanek, Niepubliczne Przedszkole Katolickie przy parafii św. Wawrzyńca w Nakle nad Notecią, Przedszkole parafialne im. Karola Wojtyły w Wysokiej, Ochronka Zgromadzenia Sióstr Służebniczek BDNP Niepubliczne Przedszkole w Solcu Kujawskim, Przedszkole Dobrego Pasterza w Żołędowie oraz Punkt Przedszkolny „Aniołkowo” w Bydgoszczy. Jedną z największych inwestycji diecezji było utworzenie 24 marca 2015 roku Domu Księży Emerytów Diecezji Bydgoskiej św. Jana Pawła II.
Na terenie diecezji działają również hospicja: Hospicjum im. bł. ks. Jerzego Popiełuszki przy parafii św. Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy, Hospicjum Sióstr św. Elżbiety w Złotowie, Stacja Opieki Długoterminowej Caritas w Sępólnie Krajeńskim, Centrum Opieki Perinatalnej św. Łazarza w Bydgoszczy.
12 maja 2021 roku, Ojciec Święty Franciszek przyjął rezygnację biskupa Jana Tyrawy z posługi biskupa bydgoskiego i mianował administratorem apostolskim diecezji bydgoskiej sede vacante w osobie biskupa toruńskiego Wiesława Śmigla. Przez kilka miesięcy oczekiwano na nowego Pasterza. 21 września papież Franciszek mianował biskupem bydgoskim dotychczasowego biskupa pomocniczego diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej Krzysztofa Włodarczyka, którego ingres do katedry odbył się 13 listopada 2021 roku.
Widząc konieczność reorganizacji Kościoła Lokalnego, biskup Krzysztof Włodarczyk podjął decyzję erygowania nowych dekanatów. 2 lutego 2023 roku powołano dwa nowe dekanaty: Osowa Góra i Solec Kujawski, a dekanat Białe Błota zmienił swoje granice.
28 kwietnia 2022 roku biskup Krzysztof Włodarczyk zainaugurował działalność Rad i Komisji Diecezji Bydgoskiej, zapraszając w ich skład liczne grono duchownych i świeckich. Jednocześnie, spadek liczby powołań przyczynił się do restrukturyzacji i sposobu działania Wyższego Seminarium Duchownego Diecezji Bydgoskiej. Od 1 września 2022 roku klerycy pochodzący z naszej diecezji rozpoczęli formację do kapłaństwa w Arcybiskupim Seminarium Duchownym w Poznaniu. W dotychczasowym gmachu WSD oraz Domu Polskim, powołano do istnienia Centrum Edukacyjno-Formacyjne Diecezji Bydgoskiej im. bł. bpa Michała Kozala. Jego pierwszym dyrektorem został ks. dr Paweł Hoppe. Centrum realizuje swoje cele statutowe poprzez: działalność oświatowo-wychowawczą na rzecz dzieci, młodzieży i osób starszych; inicjowanie działań kulturowo-edukacyjnych; organizowanie warsztatów i zajęć dla osób starszych; prowadzenie rekolekcji i spotkań formacyjnych czy prowadzenie Izby Pamięci Męczenników.
W trosce o rozwój duchowy diecezjan, we wrześniu 2023 roku, powołano do istnienia Szkołę św. Pawła dla formacji katechistów naszej diecezji. 20 grudnia 2023 roku powołany został do istnienia Diecezjalny Ośrodek Katechumenalny, którego zadaniem jest przygotowywanie dorosłych nieochrzczonych do przyjęcia sakramentu wtajemniczenia chrześcijańskiego oraz rozpoczęto przygotowania do wprowadzenia stałego diakonatu.
Bezpośrednie przygotowania do 20-lecia diecezji bydgoskiej zainaugurowano 24 czerwca ubiegłego roku wydarzeniem ewangelizacyjnym pt. „W cieniu Twej ręki”. Przez ostatnie 9 miesięcy realizowano przygotowane wcześniej „Propozycje duszpasterskie", których założenia mobilizowały duchownych i świeckich do właściwego przeżycia wydarzeń centralnych. Zaplanowano je na 6, 7 i 8 kwietnia bieżącego roku. Główne uroczystości, pod przewodnictwem Prymasa Polski abp. Wojciecha Polaka, z udziałem biskupów sąsiednich diecezji, całego prezbiterium i laikatu diecezji bydgoskiej stają się okazją do wyrażenia wdzięczności Bogu za nasz Kościół Lokalny.